L’équipe

Recherche : Structure de la chromatine et organisation 3D du génome, régulation de la transcription, variabilité d’expression génique et de repliement de la chromatine à l’échelle de la cellule unique, complexes de ségrégation de l’ADN.

Méthodes : Hi-M (imagerie multiplexée ADN/ARN – génomique spatiale), microscopie à super-résolution (STORM, microscopie multifocus), microscopie de localisation de molécule unique (SMLM), imagerie en direct, pinces magnétiques, microfluidique.

Technologies : Optique adaptative, pipelines de génomique et transcriptomique spatiales, cartographie à longue portée de la chromatine, visualisation des boucles chromatiniennes, logiciels d’imagerie multiplexée, plateformes d’analyse de données et modélisation du repliement de la chromatine.

Recherche : Mécanismes d’expression génique, métabolisme de l’ARN, condensats bimoléculaires, dynamique de l’ARN rétroviral, régulation transcriptionnelle.

Méthodes : Imagerie de molécule unique, marquage et visualisation de l’ARN, analyse des interactions protéine-ARN.

Technologies : Systèmes de marquage d’ARN basés sur MS2, systèmes d’imagerie haute résolution pour l’observation des processus cellulaires, dispositifs d’imagerie en cellules vivantes, logiciels d’analyse d’images.

Recherche : Réparation des cassures double brin de l’ADN, remodelage de la chromatine et stabilité du génome, organisation spatio-temporelle de la réponse aux dommages de l’ADN, interactions entre transcription et réparation, régulation épigénétique du maintien du génome.

Méthodes : Systèmes de cassures d’ADN induites spécifiques (AsiSI, CRISPR-Cas9), immunoprécipitation de la chromatine (ChIP-seq, ChIP-exo), séquençage ARN et cartographie de l’ARN naissant, Hi-C et tests associés de capture de conformation chromosomique, microscopie à super-résolution et en cellules vivantes pour visualiser les foyers de réparation.

Technologies : Plateformes de séquençage de nouvelle génération et omiques intégrées, systèmes d’imagerie pour la dynamique de la chromatine en temps réel, outils informatiques pour la cartographie des interactions entre réparation et transcription, pipelines automatisés pour l’analyse des données ChIP-seq et Hi-C.

Recherche : Techniques d’imagerie avancée pour l’analyse à cellule unique ; intégration de modèles computationnels et de données expérimentales pour comprendre la dynamique de la chromatine ; application de l’intelligence artificielle à la bio-imagerie et à la découverte de médicaments ; étude de l’organisation 3D du génome et de son impact sur l’expression génique.

Méthodes : Microscopie à haute résolution (super-résolution et imagerie en cellules vivantes), hybridation in situ ARN à molécule unique (smFISH) et FISH ARN multiplexé, modélisation computationnelle de la structure et de la dynamique de la chromatine, algorithmes d’apprentissage automatique pour l’analyse d’image et le criblage phénotypique.

Technologies : FISH-quant (outil MATLAB pour la quantification des signaux FISH ARN), QuickPALM (plugin ImageJ pour la reconstruction en super-résolution), frameworks de deep learning pour la segmentation et l’analyse d’images, systèmes d’imagerie à haut débit pour le criblage à grande échelle.

Recherche : Neuro-oncologie pédiatrique, microenvironnement tumoral, tumorigenèse au cours du développement cérébelleux, plasticité et résistance des cellules tumorales, hétérogénéité des cellules cancéreuses, immunothérapie des cancers pédiatriques, recherche translationnelle en oncologie de l’enfant.

Méthodes : Protéomique et spectrométrie de masse, séquençage par nanopores, approches multi-omiques, séquençage ARN à cellule unique (scRNA-seq), modèles murins in vivo, analyse du microenvironnement tumoral, criblage à haut débit de cibles thérapeutiques.

Technologies : Plateformes de séquençage avancées, protéomique basée sur la spectrométrie de masse, technologies de séquençage à cellule unique, imagerie multiplexée en immunofluorescence, plateformes d’intégration de données multi-omiques, modélisation computationnelle de la tumorigenèse.

Recherche : Organisation nucléaire et dynamique 3D de la chromatine, mécanique de la chromatine et régulation transcriptionnelle, principes physiques de la structure chromosomique, transcriptomique spatiale et expression génique à cellule unique, hybridation in situ multiplexée ARN/ADN (FISH), organisation spatiale de l’expression génique au niveau tissulaire.

Méthodes : Microscopie de molécule unique, micromanipulation de la chromatine, modélisation polymérique des chromosomes, FISH multiplexé ARN/ADN, gestion de la plateforme Xenium (10X Genomics), analyses spatiales d’imagerie à cellule unique.

Technologies : Microscopie avancée, outils de manipulation magnétique de loci génomiques, modélisation computationnelle de la dynamique de la chromatine, transcriptomique spatiale à haut débit Xenium (10X Genomics), conception de sondes FISH multiplexées, imagerie à haute résolution.

Recherche : Imagerie quantitative de l’ARN ; régulation des ARN uniques à différentes échelles spatiales ; transcription et transcriptomique ; développement de workflows pour l’expression génique spatiale ; combinaison de la microscopie avec des modèles computationnels et l’analyse d’images.

Méthodes : smFISH / FISH séquentiel / multiplexé ; microscopie automatisée et workflows d’analyse d’image ; microfluidique ; essais à cellule unique ; segmentation d’image et analyse bio-imagée ; développement de logiciels open source pour la transcriptomique spatiale.

Technologies : Microscopie optique avancée (champ large, confocale, cellules vivantes, SIM/SMLM, etc.), robotique et automatisation pour la microscopie, plateformes de smFISH à haut débit, outils logiciels pour la segmentation et la transcriptomique quantitative basée sur l’image (par ex. RNA2seg, Comseg), visualisation et modélisation des données.

Research: DNA double-strand break repair, chromatin remodeling and genome stability, spatial and temporal organization of DNA damage response, interplay between transcription and repair, epigenetic regulation of genome maintenance

Methods: Inducible site-specific DNA break systems (AsiSI, CRISPR-Cas9), Chromatin Immunoprecipitation (ChIP-seq, ChIP-exo), RNA sequencing and nascent RNA mapping, Hi-C and related chromosome conformation capture assays, Super-resolution and live-cell microscopy to visualize DNA repair foci.

Technologies: Next-generation sequencing and integrative omics platforms, Imaging systems for real-time chromatin dynamics, Computational tools for mapping repair and transcription interactions, Automated pipelines for ChIP-seq and Hi-C data analysis.

Recherche : Développement et fonction des systèmes commissuraux du système nerveux ; guidage axonal et migration neuronale pendant le développement cérébral ; mécanismes de la connectivité cérébrale et de son évolution ; utilisation de techniques d’imagerie avancées pour étudier les circuits neuronaux in vivo.

Méthodes : Clarification tissulaire et microscopie à feuille de lumière pour l’imagerie 3D des structures neuronales ; immunomarquage en bloc pour visualiser les faisceaux axonaux et les voies neuronales ; manipulation génétique de modèles murins pour étudier la fonction génique dans le développement neural ; techniques d’imagerie haute résolution pour l’analyse de l’architecture et de la connectivité cérébrales.

Technologies : Protocoles de clarification tissulaire 3DISCO et CLARITY pour la transparisation du cerveau ; systèmes de microscopie à feuille de lumière pour l’imagerie rapide et haute résolution ; outils informatiques pour la reconstruction et l’analyse 3D des données neuronales ; plateformes d’imagerie avancées pour le criblage et l’acquisition à grande échelle.

Recherche : Modèles du développement et de l’organogenèse neuronale humaine basés sur les cellules souches ; mécanismes de la diversité et de l’organisation neuronale durant le développement de la moelle épinière ; dynamique de la chromatine et régulation transcriptionnelle au cours du développement précoce ; modélisation des processus développementaux à l’aide d’organoïdes et d’embryoïdes.

Méthodes : Génération de modèles dérivés de cellules souches pluripotentes humaines (organoïdes, embryoïdes) ; transcriptomique et transcriptomique spatiale à cellule unique ; imagerie en temps réel et microscopie à super-résolution ; modélisation computationnelle des processus développementaux et de la dynamique de la chromatine.

Technologies : Systèmes d’imagerie à haut débit pour le criblage à grande échelle ; outils bioinformatiques pour l’analyse de données de transcriptomique à cellule unique ; plateformes de culture et de manipulation d’organoïdes ; cadres computationnels pour la modélisation des processus du développement.

Recherche : Détermination du destin cellulaire et organisation tissulaire pendant le développement; mécanismes régissant la neurogenèse et la formation des organes; régulation spatiale et temporelle de la différenciation cellulaire; modélisation des processus développementaux dans les organoïdes.

Méthodes : Génétique murine pour l’analyse fonctionnelle in vivo; imagerie en cellules vivantes pour suivre les comportements dynamiques des cellules; transcriptomique à cellule unique pour le profilage de l’expression génique; culture d’organoïdes pour reproduire le développement tissulaire.

Technologies : Systèmes d’imagerie à haute résolution pour l’analyse dynamique des cellules; pipelines bioinformatiques pour l’interprétation des données spatiales et à cellule unique; plateformes de culture d’organoïdes; modélisation computationnelle des processus développementaux.

Recherche : Dynamique de la division et de la différenciation des cellules souches neurales dans le néocortex humain en développement ; mécanismes à l’origine de la diversité des types cellulaires corticaux pendant l’embryogenèse ; comparaison évolutive du développement cortical entre primates ; développement de techniques d’imagerie en temps réel avancées pour suivre les décisions de destin cellulaire.

Méthodes : Imagerie à long terme de cellules progénitrices radiales dans des organoïdes cérébraux ; imagerie corrélative semi-automatisée combinant tissus vivants et fixés ; séquençage ARN à cellule unique pour le profilage de l’expression génique durant la neurogenèse ; analyse comparative des organoïdes corticaux humains et de primates non humains.

Technologies : Systèmes de microscopie à fluorescence haute résolution pour l’imagerie en temps réel ; plateformes de culture d’organoïdes pour modéliser le neurodéveloppement humain ; outils computationnels pour l’analyse d’images et la cartographie du destin cellulaire ; pipelines bioinformatiques pour l’intégration des données d’imagerie et de transcriptomique.

Recherche : Organisation de la chromatine, architecture 3D du génome, régulation génique, épigénomique, physique des polymères, biophysique statistique, états physiologiques et pathologiques.

Méthodes : Modélisation computationnelle, physique des polymères, mécanique statistique, simulation du repliement chromosomique, outils quantitatifs et statistiques, génomique comparative.

Technologies : Séquençage à haut débit, données d’imagerie, simulations numériques, pipelines computationnels, inférence statistique, calcul sur GPU ou HPC, outils bioinformatiques.

Recherche : Intégration multi-omique à cellule unique dans l’espace et le temps, trajectoires cellulaires, hétérogénéité des maladies, mécanismes de régulation, traduction de données omiques complexes en connaissances biologiques exploitables.

Méthodes : Apprentissage multi-vues, réduction de dimension, inférence de réseaux, réseaux de neurones convolutionnels sur graphes, apprentissage automatique, évaluation comparative de méthodes multi-omiques, modélisation computationnelle des états et transitions cellulaires.

Technologies : Séquençage à cellule unique, multi-omiques, omiques spatiales, architectures d’apprentissage profond, graphes multi-couches hétérogènes, logiciels open source pour l’intégration de données multi-modales.

Recherche : Transcriptomique spatiale, pathologie computationnelle, criblage à haut contenu, apprentissage automatique, criblage phénotypique, phénotypage basé sur l’imagerie, supervision faible, réduction de l’annotation.

Méthodes : Apprentissage profond, vision par ordinateur, segmentation d’images, inférence morphologique et moléculaire, simulation d’images, prédiction inter-modalités, modélisation prédictive, intégration de données.

Technologies : Réseaux de neurones, imagerie par microscopie, transcriptomique spatiale, pipelines d’analyse d’images, outils d’annotation, moteurs de simulation, calcul GPU, scanners de lames numériques.

Recherche : Bioinformatique, biostatistique, génomique du cancer, séquençage à haut débit, détection de variants somatiques, interopérabilité des données, médecine personnalisée, ingénierie logicielle, calcul haute performance.

Méthodes : Développement d’algorithmes biostatistiques, analyse de données génomiques, interopérabilité des données biomédicales, calcul intensif, évaluation de performances d’outils génomiques, intégration de données multi-omiques.

Technologies : Plateformes de séquençage à haut débit, pipelines bioinformatiques, modèles xénogreffés dérivés de patients, systèmes d’interopérabilité des données biomédicales, outils computationnels pour l’analyse génomique.

Recherche : Biologie des systèmes computationnelle, tumorigenèse et progression tumorale, hétérogénéité du cancer, intégration des données multi-omiques, médecine de précision, modélisation pronostique et prédictive, modèles de réseaux de signalisation.

Méthodes : Analyse statistique de données biologiques à haut débit, analyse en composantes indépendantes, classification et découverte de classes, apprentissage automatique, simulation, intégration de données cliniques et omiques.

Technologies : Séquençage à haut débit, pipelines bioinformatiques, outils de visualisation web, modélisation et simulation computationnelles, jumeaux numériques (modélisation de tumeurs in silico).

Recherche : Biologie du développement, régulation génique, différenciation cellulaire, voies moléculaires, cellules souches, embryogenèse, réseaux génétiques, transduction de signaux.

Méthodes : Clonage moléculaire, analyse d’expression génique, édition du génome par CRISPR/Cas9, microscopie, culture cellulaire, séquençage ARN, essais fonctionnels, techniques d’imagerie.

Technologies : Séquençage de nouvelle génération, microscopie à fluorescence, imagerie en cellules vivantes, outils bioinformatiques, cytométrie en flux, plateformes d’édition génique, automatisation de laboratoire.

Recherche : Biologie computationnelle, biologie des systèmes, génomique du cancer, microenvironnement tumoral, épigénétique, intégration de données, apprentissage automatique, réseaux biologiques.

Méthodes : Modélisation statistique, analyse bioinformatique, traitement de données à haut débit, développement d’algorithmes, exploration de données, inférence de réseaux, modélisation prédictive.

Technologies : Séquençage de nouvelle génération, pipelines computationnels, frameworks d’apprentissage automatique, outils de visualisation de données, calcul haute performance, bases de données et langages de programmation.

Recherche : Tumeurs cérébrales pédiatriques, gliomes diffus H3K27-altérés, régulation épigénétique, mutations d’histones, hétérogénéité tumorale, génomique du cancer, oncologie moléculaire, classification tumorale, applications cliniques.

Méthodes : Séquençage de nouvelle génération, exome complet, séquençage ciblé, profilage épigénomique, perturbations génétiques, biopsies tumorales, modèles in vivo, neurochirurgie stéréotaxique, électroporation in utero.

Technologies : Séquenceurs à haut débit, pipelines bioinformatiques, logiciels d’analyse épigénomique, outils de stéréotaxie chirurgicale, équipements de chirurgie animale, instruments de culture cellulaire, puces transcriptomiques et de méthylation.

Recherche : Oncologie pédiatrique, génétique du cancer, biologie tumorale, neuroblastome, diagnostic moléculaire, médecine de précision, biomarqueurs du cancer, recherche clinique.

Méthodes : Séquençage génétique, profilage moléculaire, histopathologie, techniques d’imagerie, essais cliniques, analyse de biomarqueurs, modèles dérivés de patients.

Technologies : Séquençage de nouvelle génération, imagerie IRM et TEP, pathologie numérique, plateformes bioinformatiques, biopsie liquide, outils de diagnostic moléculaire.

Recherche : Biologie du développement, formation des circuits neuronaux, neurogenèse, connectivité cérébrale, traitement sensoriel, comportement, régulation génique, différenciation cellulaire.

Méthodes : Imagerie in vivo, manipulation génétique, électrophysiologie, tests comportementaux, microscopie, traçage de lignée, techniques de biologie moléculaire.

Technologies : Microscopie biphotonique, imagerie en temps réel, édition génétique CRISPR/Cas9, optogénétique, outils bioinformatiques, logiciels d’imagerie, modèles animaux.

Recherche : Épigénomique, biologie de la chromatine, régulation génique, méthylation de l’ADN, ARN non codants, biologie du développement, architecture du génome, régulation transcriptionnelle.

Méthodes : ChIP-seq, ATAC-seq, RNA-seq, profilage de la méthylation de l’ADN, séquençage à cellule unique, analyse bioinformatique, intégration de données, essais de génomique fonctionnelle.

Technologies : Séquençage de nouvelle génération, plateformes de séquençage à cellule unique, pipelines bioinformatiques, outils de biologie computationnelle, imagerie, logiciels de visualisation de données.

Recherche : Biologie de la chromatine, épigénétique, réplication de l’ADN, dynamique des histones, stabilité du génome, régulation génique, organisation nucléaire, cycle cellulaire.

Méthodes : Immunoprécipitation de la chromatine, microscopie, essais sur fibres d’ADN, imagerie en cellules vivantes, techniques de biologie moléculaire, analyse d’interactions protéiques, séquençage.

Technologies : Séquençage de nouvelle génération, microscopie à fluorescence, imagerie à super-résolution, spectrométrie de masse, outils bioinformatiques, analyse de molécule unique, cytométrie en flux.

Recherche : Régulation de la chromatine, épigénétique, protéines du groupe Polycomb, répression génique, modifications d’histones, régulation transcriptionnelle, développement, organisation du génome.

Méthodes : Immunoprécipitation de la chromatine, spectrométrie de masse, microscopie, analyse d’expression génique, essais d’interaction protéine-protéine, imagerie en cellules vivantes, tests génomiques.

Technologies : Séquençage de nouvelle génération, microscopie à super-résolution, plateformes de protéomique, outils bioinformatiques, édition génique CRISPR/Cas9, logiciels d’imagerie et d’analyse computationnelle.

Recherche : Cellules souches musculaires, régénération, biologie du développement, niche des cellules souches, réparation tissulaire, régulation génique, détermination du destin cellulaire, maladies musculaires.

Méthodes : Traçage génétique de lignée, modèles in vivo et in vitro, séquençage ARN à cellule unique, techniques de biologie moléculaire, imagerie, essais fonctionnels.

Technologies : Microscopie à fluorescence, séquençage de nouvelle génération, imagerie en cellules vivantes, cytométrie en flux, édition du génome CRISPR/Cas9, outils bioinformatiques.

Recherche : Cellules souches neurales, plasticité cérébrale, neurogenèse adulte, hétérogénéité des cellules souches, décisions de destin cellulaire, homéostasie cérébrale, régénération, modèle poisson-zèbre, organisation spatiale.

Méthodes : Imagerie en temps réel, traçage de lignée, analyse clonale, marquage génétique, profilage moléculaire, omiques à cellule unique, cartographie spatiale, suivi comportemental, microscopie à time-lapse, analyse computationnelle.

Technologies : Microscopie biphotonique/confocale, CRISPR/Cas9, séquençage ARN à cellule unique, transcriptomique spatiale, bioinformatique, analyse d’images, modélisation mathématique, intégration de données, transgenèse chez le poisson-zèbre.

Recherche : Neuro-oncologie pédiatrique, microenvironnement tumoral, tumorigenèse au cours du développement cérébelleux, plasticité et résistance des cellules tumorales, hétérogénéité des cellules cancéreuses, immunothérapie des cancers pédiatriques, recherche translationnelle en oncologie de l’enfant.

Méthodes : Protéomique et spectrométrie de masse, séquençage par nanopores, approches multi-omiques, séquençage ARN à cellule unique (scRNA-seq), modèles murins in vivo, analyse du microenvironnement tumoral, criblage à haut débit de cibles thérapeutiques.

Technologies : Plateformes de séquençage avancées, protéomique basée sur la spectrométrie de masse, technologies de séquençage à cellule unique, imagerie multiplexée en immunofluorescence, plateformes d’intégration de données multi-omiques, modélisation computationnelle de la tumorigenèse.

Recherche : Développement neuronal, cellules souches, neurogenèse, régénération cérébrale, régulation génique, différenciation cellulaire, biologie du développement, plasticité neuronale.

Méthodes : Manipulation génétique, modèles in vivo, microscopie, traçage de lignée, tests de biologie moléculaire, séquençage ARN, essais fonctionnels.

Technologies : Microscopie à fluorescence, imagerie en temps réel, CRISPR/Cas9, séquençage de nouvelle génération, outils bioinformatiques, logiciels d’imagerie, modèles animaux.

Recherche : Biologie de la chromatine, épigénétique, réplication de l’ADN, dynamique des histones, stabilité du génome, régulation génique, organisation nucléaire, cycle cellulaire.

Méthodes : Immunoprécipitation de la chromatine, microscopie, essais sur fibres d’ADN, imagerie en cellules vivantes, techniques de biologie moléculaire, analyse d’interactions protéiques, séquençage.

Technologies : Séquençage de nouvelle génération, microscopie à fluorescence, imagerie à super-résolution, spectrométrie de masse, outils bioinformatiques, analyse de molécule unique, cytométrie en flux.

Recherche : Biologie du développement, régulation génique, différenciation cellulaire, voies moléculaires, cellules souches, embryogenèse, réseaux génétiques, transduction de signaux.

Méthodes : Clonage moléculaire, analyse d’expression génique, édition du génome par CRISPR/Cas9, microscopie, culture cellulaire, séquençage ARN, essais fonctionnels, techniques d’imagerie.

Technologies : Séquençage de nouvelle génération, microscopie à fluorescence, imagerie en cellules vivantes, outils bioinformatiques, cytométrie en flux, plateformes d’édition génique, automatisation de laboratoire.

Recherche : Transcriptomique spatiale, pathologie computationnelle, criblage à haut contenu, apprentissage automatique, criblage phénotypique, phénotypage basé sur l’imagerie, supervision faible, réduction de l’annotation.

Méthodes : Apprentissage profond, vision par ordinateur, segmentation d’images, inférence morphologique et moléculaire, simulation d’images, prédiction inter-modalités, modélisation prédictive, intégration de données.

Technologies : Réseaux de neurones, imagerie par microscopie, transcriptomique spatiale, pipelines d’analyse d’images, outils d’annotation, moteurs de simulation, calcul GPU, scanners de lames numériques.